Utiliser les cahiers numériques Jupyter

Formation Doctorale du Collège Doctoral de Bretagne

Damien Belvèze

damien.belveze@univ-rennes.fr

Université de Rennes

2026-01-09

que sont les cahiers numériques Jupyter ?

produit dérivé de l’IDE ipython
permet d’utiliser une quarantaine de langages différents (dont R, Julia et bien sûr Python)
calepin numérique permettant d’écrire du code et d’y intercaler du texte (en markdown)

intérêt de Jupyter

intérêt des notebooks en général (idem Rmarkdown) : code abondamment documenté, programmation lettrée
présentation agréable, même pour une projection
instrument pédagogique hors-pair

Instead of imagining that our main task is to instruct a computer what to do, let us concentrate rather on explaining to human beings what we want the computer to do.

(Donald Knuth, 1984)

distinguer literate computing et literate programming : - literate programming : j’écris du code et je le commente ligne après ligne - literate computing : j’écris un texte et j’insère du code exécutable qui permet de générer les graphiques ou des expressions mathématiques :

A literate computing environment is one that allows users not only to execute commands but also to store in a literate document format the results of these commands along with figures and free-form text that can include formatted mathematical expressions. In practice it can be seen as a blend of a command-line environment such as the Unix shell with a word processor, since the resulting documents can be read like text, but contain blocks of code that were executed by the underlying computational system

📓 Dombrowski et al. (2019)

Limites de Jupyter

problèmes de reproductibilité 📓 Grus (2018)
il vaut mieux exécuter toutes les cellules dans l’ordre, même si un notebook donne la possibilité de ne pas respecter cet ordre
il en ressort des empreintes cachées (hidden states) qui faussent parfois les résultats

Comment installer Jupyter

instructions d’installation livrées avec ce support
possibilité d’utiliser des cahiers numériques en ligne avec EOSC

EOSC est une infrastructure européenne qui met à disposition des chercheurs.ses EU du stockage et des services numériques 📓 Athanasiou (2025)

utiliser les cahiers numériques Jupyter d’EOSC

s’allouer des crédits en allant sur file sync & share
choisir une puissance de calcul en fonction du projet et des accès

découvrons l’interface des notebooks Jupyter

Qu’est-ce que le kernel ?

un kernel pour chaque langage de programmation
stopper et redémarrer le kernel : quelles conséquences

exercice pratique : qui sont les survivants du Titanic

Jouons un peu avec un dataset

figures

figure	source et crédits
Figure 1	Titanic Klasse, Pixabay, CC0

software used for this presentation

Most part of the software used for this presentation are “libre” software

Quarto 1.3.450
VScode 1.8.0
Rstudio 2023.03.0

Références

Athanasiou, S. (2025). EOSC EU node key concepts.

Dombrowski, Q., Gniady, T., & Kloster, D. (2019). Introduction to Jupyter Notebooks. Programming Historian.

Grus, J. (2018). I don’t like notebooks.- joel grus (allen institute for artificial intelligence).